L'insuffisance cardiaque et la fibrillation auriculaire se favorisent mutuellement dans un cercle vicieux. La prévalence de la fibrillation auriculaire chez les candidats à la resynchronisation de la BiV est élevée et augmente avec la sévérité des symptômes, de 5% chez les patients en classe fonctionnelle I de la NYHA, de 10 à 25% chez les patients en classe II et III, et de 50% chez les patients en classe IV. La présence d'une fibrillation auriculaire diminue la probabilité de réponse à la resynchronisation. La capture complète et cohérente de la BiV, essentielle pour une réponse fiable, est compromise en présence de fibrillation auriculaire. Une partie des patients en fibrillation auriculaire présente une fréquence ventriculaire rapide et irrégulière, ce qui empêche une capture cohérente. En outre, ils ne peuvent pas bénéficier d'une resynchronisation AV, ce qui contribue aux résultats obtenus en présence d'un rythme sinusal. Chez les patients resynchronisés, le rythme sinusal doit être maintenu et la fréquence cardiaque contrôlée méticuleusement le plus longtemps possible, en recourant si nécessaire à un traitement médicamenteux. Les différents choix possibles sont : 1) l'administration d'une dose de charge d'amiodarone et la réalisation d'une cardioversion pour rétablir le rythme sinusal ; 2) le traitement à l'amiodarone ou l'ablation des veines pulmonaires et du substrat arythmogène de l'oreillette gauche pour maintenir le rythme sinusal ; 3) l'administration d'un traitement régulateur de fréquence pour faciliter la stimulation de la BiV ; 4) la programmation d'un algorithme spécifique, qui déclenche la stimulation sur les événements ventriculaires détectés ; et 5) l'ablation du faisceau de His pour éliminer la compétition entre le rythme spontané et le rythme cadencé.

L'ablation de la jonction AV par radiofréquence est un traitement validé qui, lorsqu'associé à la programmation d'une asservissement de fréquence, permet de maintenir une fréquence cardiaque adaptée au repos comme à l'effort et une stimulation BiV constante en éliminant la compétition avec le rythme spontané. La programmation d'algorithmes déclenchant la stimulation (pseudo VVT) chez les patients en fibrillation auriculaire peut être inefficace car le rythme reste rapide et la fusion entre l'activation spontanée et la stimulation ventriculaire est souvent incomplète, voire absente (pseudo-fusion). L'ablation des veines pulmonaires et du substrat auriculaire gauche a été réalisée, bien que les résultats chez les patients souffrant d'insuffisance cardiaque, dont l'oreillette gauche est dilatée, soient souvent sous-optimaux. Il faut donc, dans un premier temps, tenter de maintenir le rythme sinusal en vue de préserver la contribution auriculaire au remplissage ventriculaire et une gamme de fréquences physiologiques au repos comme à l'effort. Lorsque cette stratégie échoue, la fréquence doit être contrôlée par un blocage bêta-adrénergique, bien que l'ablation du faisceau de His doit être proposée en cas de résultat incomplet car les patients avec conduction AV préservée et dont le pourcentage de stimulation est faible ne tirent aucun bénéfice de ce traitement.

Plusieurs algorithmes peuvent également être programmés pour prévenir le développement de la fibrillation auriculaire, sur la base de divers mécanismes, notamment l'augmentation du pourcentage de stimulation auriculaire, la diminution de la durée des pauses post-ESV ou la stimulation auriculaire non compétitive. Il n'existe actuellement aucune preuve de l'efficacité de ces types d'algorithmes chez les patients soumis à des essais cliniques randomisés.